消化許容量を超える食事量のため、胃と小腸部位で栄養素を十分に分解できません。 過剰な胃酸が胃から十二指腸に流入し、すい液に含まれる消化酵素の働きが悪くなり、十分に消化できません。 食べ物の種類が急に変わると消化に必要な消化酵素のバランスがうまく調整できなくなります。 冷たいものや生食、幼齢期に牛乳を与えると消化不良を起こすことがあります。 胃腸の働きが衰えているので、消化酵素の分泌力が弱くなりやすくなります。 ストレスが高まると胃酸の分泌が増えるので、消化酵素の働きが悪くなり、十分に消化できません。 熱が出ると消化酵素の分泌力が弱くなります。 胃腸への刺激が少なく消化に必要な蠕動(ぜんどう)運動が低下します。 すい臓には炭水化物や脂肪、たんぱく質を分解する消化酵素を分泌する腺房細胞の90％以上がすい炎、すい臓がんや遺伝的な問題でダメージを受けると、必要な消化酵素を分泌できなくなってしまいます。 脂肪を分解しやすくする胆汁を送り込む胆のうと胆管に胆石などが詰まって炎症をおこしたり、腫瘍ができても問題です。十二指腸や腸管の炎症や腫瘍も消化に悪影響を及ぼします。 化学物質や薬物によって免疫力や抵抗力が低下し、血中の微生物を除去したり、腸内の寄生虫を除去する力が不足し、腸内で有害腸内菌や寄生虫が多量に発生し、慢性的な消化不良を起こすことがあります。